物流系统集成是以物流系统为核心的由生产企业经由物流企业、销售企业直至消费者的整个供应链的整体化和系统化。它是物流业发展的一个高级的、成熟的阶段。亚太物流联盟副主席、澳大利亚著名的物流专家凯利•哈蒙德指出，集成物流就是利用物流管理，使产品在有效的供应链内迅速移动，使参与各方的企业都能获益，使整个社会获得明显的经济效益。
物流系统集成的形式包括横向集成与纵向集成。横向集成指的是企业专注于某项特定的物流功能，与同行竞争企业进行联合，在物流的某个环节建立竞争优势。纵向集成面向的是整个生产制造环节，要求企业结合产品的材料供应、生产和销售等上下游环节发展不同深度的业务，具体又包括前向集成和后向集成。
系统化、集成化的现代物流，已经不是运输、装卸和储存等活动的简单叠加，而是在共同目标下形成的一个物流系统，彼此存在着内在联系。构成物流系统的各个功能要素之间存在着相互联系、相互作用。对于现代物流系统的优化，应该从系统的角度出发，树立系统化的观念，通过物流系统的最优化，实现整个物流的最优，这也是现代物流管理所追求的。
现代物流理念追求的是物流系统的最优化，也就是实现整个系统的物流总成本最小化。传统的物流管理往往是集中于系统的某一个功能要素的个体物流成本最小，或者各个功能要素以自身为最优，而忽视了物流系统的总成本，忽视了物流要素之间存在着二律背反的关系，也就是系统中的某一个要素的高成本会因其他要素成本降低而抵消的相互关系。
从系统的观点出发，构成各级物流系统的各个要素之间存在着明显的二律背反关系。而现代物流理念就是利用物流要素之间存在的二律背反关系，通过各个要素之间相互配合和协调，从而达到整个系统的物流成本最小化。要达到各个要素之间的配合和协调，无法由各个要素自身来实现，需要从整个物流系统出发，来进行优化处理。
根据所涉及的范围不同，物流系统可分为很多层次，各级物流系统之间存在着包含或者依存的关系，同级物流系统之间存在着并列或者交叉的关系。本章所研究的问题从宏观到微观，分别属于区域物流系统、节点物流系统及企业物流系统三个不同层次的物流系统。这三个系统之间是包含与被包含的关系。
物流系统集成的建设过程呈现如下特点：
1)共享性
在加快全社会物流信息化建设的同时，更加注重公共信息平台的搭建，以提高信息资源的利用效率；在加快物流园区建设的同时，更加注重公共配送中心的发展，以促进设施资源的有效利用。
2)衔接性
在加快交通基础设施建设的同时，更加注重设施之间的有效衔接，以促进多式联运的发展；在加快制定物流产业发展政策的同时，注重相关部门的沟通协调，以促进物流政策的有机衔接。
3)先进性
在加快传统设施技术更新改造的同时，更加注重推进新技术在物流领域的应用，以提高物流产业的技术水平；在推进物流基础设施、技术装备标准化的同时，更加注重管理流程、信息网络的技术标准化，以形成协调统一的现代物流技术标准化体系。
4)高效性
在加快推动第三方物流发展、缓解物流供需之间存在的结构性矛盾的同时，加快保鲜食品物流、生物医药物流、危险品物流、1C产品物流等专业化物流发展，确立行业优势，以不断提高所在地区物流的社会化和专业化水平。
